В городе Аягоз впервые больница создана в 1928 году, тогда больница называлась «Аягозская районная больница». Сейчас называется КГП на ПХВ «Межрайонная больница Аягозского района» УЗ ВКО. 

Основной задачей Аягозской МРБ является оказание квалифицированной, медицинской помощи населению и организационно-методической помощи лечебно-профилактическим организациям района.

В состав организационной структуры КГП на ПХВ «Аягозская МРБ» входят 15 ВА, 3 ФАП, 16 МП, а также Аягозская МРБ с отделениями стационара на 200 коек, включая терапевтическое отделение на 48 коек из них кардиологические  10 коек, детское отделение на 24 коек, инфекционное отделение на 20 коек, родильное отделение на 20 коек, ОПБ на 20 коек, ОПН -5 коек, кардиологические койки – 10 коек, хирургическое отделение на 37 коек, инсультный центр на 17 коек, реабилитационные койки – 9 коек. 

-    В 2018 году на базе Аягозской ЦРБ открылся инсультный центр II уровня. Он оснащен компьютерным томографом и рассчитан на 200 тысяч населения Аягозского, Урджарского, Жарминского районов.

-    В 2019 году проведен капитальный ремонт родильного отделении на сумму 111 215 810 тенге, и с 2019 года родильное отделение  перешло на  III уровень оказания перинатальной помощи. Закуплено медоборудование на сумму 430 997 000 тенге.

-    В 2020 году открылся Центр Чрескожного коронарного вмешательства (ЧКВ) II уровня на базе Аягозской МРБ. С этой целью выделено 375 млн.  тенге на приобретение аппарата ангиографа. для раннего выявления  сердечно - сосудистых заболеваний.

В Аягозской МРБ созданы все условия для лечения пациентов с кардиологической патологией.

Осуществляются комплексные операции, такие как коронаграфические исследования, установка стентов, электрокардиостимуляторов, проводятся ангиографические исследования кровеносных сосудов сердца. Весной 2021 года здесь, впервые была сделана эмболизация аневризмы головного мозга с использованием ангиографа. Теперь население Аягозского и соседних районов могут получить качественную медицинскую помощь при инсультах, инфарктах в Аягозе.

В состав Аягозской МРБ кроме отделении стационара входят также консультативно- диагностическая поликлиника, детская и женская консультация, противотуберкулезный кабинет, медицинские пункты школ района и другие вспомогательные подразделения, а также административно-хозяйственный отдел.

Консультативно-диагностическая поликлиника МРБ мощностью 435 посещении в смену представлена кабинетами специалистов ПМСП: терапевты, педиатры, а также кабинетами профильных специалистов: подростковый терапевт, нефролог, кардиолог, эндокринолог, хирург, травматолог, уролог, онколог, маммолог, акушер-гинеколог, офтальмолог, оториноларинголог, фтизиатры, невропатолог, психиатр, нарколог, дерматолог, инфекционист, а также отделением медицинской  профилактики и социально-психологической помощи и дневным стационаром при поликлинике.

К вспомогательным подразделениями больницы относятся: клинико-диагностическая лаборатория, физиотерапевтическое отделение, малая диагностика (ЭКГ, Эхо-КГ, УЗИ, эндоскопия), рентген кабинет и кабинет флюорографии, компьютерная томография. Аягозская межрайонная больница имеет платную палату для пациентов со всеми удобствами. 

Имеет передвижной медицинский комплекс на 5 рабочих мест для медицинского приема больных из сёл, оборудованный лабораторией, ЭКГ кабинетом, кабинетом гинеколога, кабинетом стоматолога, кабинетом окулиста, рентген кабинетом.